Joël Pommerat fonde en 1990 la compagnie Louis Brouillard avec laquelle il crée plusieurs pièces dont Pôles (1995) au Centre Dramatique National des Fédérés, Treize étroites têtes (1997) début d'une longue résidence à Brétigny-sur Orge, Mon ami (2001) au Théâtre Paris- Villette où il créé également, en 2002, Grâce à mes yeux. Puis ensuite viennent Qu'est-ce qu'on a fait ? (2003) au Centre Dramatique National de Caen, Au monde (2004) au Théâtre National de Strasbourg, Le Petit Chaperon rouge, premier spectacle destiné aux enfants, à Brétigny- sur-Orge, D'une seule main (2005) au Centre Dramatique de Thionville.

La compagnie entame alors une résidence de trois ans avec la Scène nationale de Chambéry et de la Savoie. En janvier 2006, il crée Les Marchands au Théâtre National de Strasbourg (pièce pour laquelle il reçoit le Grand Prix de littérature dramatique 2007) et en avril 2006, Cet enfant. Au monde, Les Marchands et Le Petit Chaperon rouge sont repris au Festival d’Avignon 2006.

En 2007, c'est la création de Je tremble(1) avec lequel la compagnie entame une résidence au Théâtre des Bouffes du Nord à l'invitation de Peter Brook. Il y créera également Cercles/Fictions. En mars 2008, création de Pinocchio à l'Odéon-Théâtre de l'Europe (atelier Berthier) puis en juillet, création de Je tremble(2) au Festival d’Avignon.

En 2011, Joël Pommerat créé Ma chambre froide à l'Odéon-Théâtre de l'Europe, pièce pour laquelle il reçoit le Molière de l’auteur francophone vivant et le Grand Prix de la Critique Dramatique.

Il écrit un livret pour l’opéra Thanks to My Eyes d’après sa pièce Grâce à mes yeux avec la musique d’Oscar Bianchi, qu'il mettra en scène au Festival d’Aix en juillet 2011. En octobre 2011, création de Cendrillon au Théâtre National de Bruxelles, reprise à l'Odéon-Théâtre de l'Europe avant de partir en tournée. En décembre 2011, création de La Grande et Fabuleuse Histoire du Commerce à la Comédie de Béthune-Centre Dramatique National Nord Pas-de-Calais. Joël Pommerat a entamé en septembre 2010 une association de trois ans avec l’Odéon-Théâtre de l’Europe et de cinq ans avec le Théâtre National/Bruxelles. Tous ses textes sont publiés aux éditions Actes Sud-Papiers.